В 1998 году по благословению настоятельницы монастыря игумении Софии школа возобновила свою работу как воскресная школа.
С 2006 года открыто несколько дополнительных отделений: подготовительное, театральное, инструментальное, художественное, фольклорное, хоровое, хореографическое. Начала работу студия церковно-прикладного творчества, занятия рукоделием для девочек в мастерской «Сундук с приданым».
В 2015 году Церкви было полностью передано историческое здание Свято-Владимирской школы.
В 2017 году Свято-Владимирская школа получила лицензию и аккредитацию на образовательную деятельность.